Loading...
 

Print
  • World
    • No language is assigned to this page.

Formació básica

Contacte: ueb at vhir.org

Índex de continguts

Close
informationPresentació dels continguts

Aquesta pàgina pretén ser un recull de materials, referències, enllaços... d'utilitat per aquelles persones que vinguin a fer pràctiques de formació a la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica del VHIR.

1. Què és la UEB?

Image
La Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB-USMIB) és una unitat de servei de l'Àrea Científico-Tècnica de Suport del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR - www.vhir.org).
La UEB fou creada el 2008 dins l'Institut de Recerca de l'Hospital Vall d'Hebron amb l'objectiu de promoure l'us i el desenvolupament de recursos estadístics i bioinformàtics moderns per la investigació efectuada en el seu àmbit.
Avui en dia, la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica inclou l'antiga Unitat de Suport en Metodologia per a la Investigació Biomèdica (USMIB) i, com a part de l'Àrea Científico-Tècnica de Suport del Vall d'Hebron Institut de Recerca, té la missió de donar assessorament expert, serveis i formació per a la recerca clínica i biomèdica.

Presentació (en PREZI) sobre què és la UEB



Per més info, veure també la pàgina de la UEB al VHIR i la pàgina de serveis, tarifes, etc. de la UEB en aquesta mateixa base de coneixement.

2. Apunts i enllaços de cursos UEB

2.1. Curs Bases de Dades per a la Recerca Biomèdica, Juny 2014

Image
Enllaç al curs 2014-06 Taller BBDD per a la Recerca Biomèdica
Diapos en PDF Image Bases de datos relacionales en la clinica_v3.pdf

2.2. Curs Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica, Octubre 2015

Image
Enllaç a l'edició de 2014 2014-05 Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica
i algunes diapos en PDF:

2.3. Curs Estadística Bàsica per a la Recerca Biomèdica, Febrer 2015

Image
Enllaç al curs 2015-02 Estadística Bàsica per a la Investigació Biomèdica
i algunes diapos en PDF:

Directori complet de cursos UEB aquí

3. Introducció a les comandes GNU/Linux

Image
UNIX Tutorial for Beginners: http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/index.html
GNU/Linux command basic cheat sheet Image linux-commands-cheat-sheet-new.pdf

4. Bio-Linux

4.1. Introducció

Image
Manual d'introducció a Bio-Linux: Image IntroductionToBio Linux8 Jan2015
Bio-Linux és una bona opció tant per començar a familiaritzar-se amb el sistema operatiu Linux com per fer un cop d'ull a les comandes bàsiques més usades en bioinformàtica. (Parts 1 i 2 del manual).

Per més info i descarregar el software, aneu a http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux
Article de Bio-Linux a Nature Biotecnnology (2006) http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n7/full/nbt0706-801.html
Guia d'instal·lació online: http://environmentalomics.org/bio-linux-installation/


4.2. Import BioLinux as VirtualBox Appliance

VirtualBox is a free and powerful cross-platform VM manager found at http://virtualbox.org

  • 0 - Ensure you have at least 40GB free disk space.
  • 1 - Download and install the appropriate version of VirtualBox.
    • Bio-Linux is a 64-bit operating system. Virtually all modern PC processors support 64-bits, even if you have 32-bit Windows installed. As a rule of thumb, if you have more than 1 core you will have 64-bit support. See:
      https://www.virtualbox.org/manual/ch03.html#intro-64bitguests

    Note: If you have a licence for VMWare or for Parallels on your Mac and prefer to use that instead of VirtualBox then it should work fine. As I don't have the software myself I can't provide a pre-made image or give specific instructions here but will endeavour to answer questions on the Bio-Linux mailing list. The .ova file should work, I think, otherwise you will need to obtain the latest .iso file for Bio-Linux and install it following the standard Parallels instructions for 64-bit Ubuntu.
  • 2 - Get the .ova file from the USB disk provided by the UEB staff.
  • 3 - Start VirtualBox and select Import Appliance from the File menu and import the .ova file
    Click_to_enlarge
    Click_to_enlarge

    When importing the appliance, select the option to reinitialize the MAC addresses of network cards
    • You will be able to tweak the settings to suite your needs/machine later on (number of cores or ram allocated to the appliance, etc)
  • 4 - Start the VM and when you see a log-in screen, log in as user "manager" with the password indicated by the UEB Staff.
  • 5 - Feel free to explore and tinker with the Bio-Linux system. In the unlikely event you break anything you can always restart from scratch.
    • See the VirtualBox docs for more details including how to share folders and hardware. You will also want to adjust hardware settings such as CPU, RAM and video acceleration settings to suit your hardware

    Once this is working, you can delete the .ova file to save space (3+ Gb).


4.3. Emprar BioLinux al Servidor de la UEB

Configuration for the connection:

Click to enlarge
Click to enlarge


Details:
  • Connection name: BioLinux (UEB-VHIR)
  • Server:
    • Host: ueb.vhir.org
    • User: master1 (or masterN, being N the number you have been indicated to use in your specific case)
    • SSH port: 3022
  • Session type: MATE
    • Choose "MATE" in the dropdown options. Once saved, if you go to edit your settings, it will be shown as:

      Custom desktop : MATE

Desktop (once connected):

Click to enlarge
Click to enlarge


You can disconnect thorugh the menu "System > Logout"


amb la diferencia que cal emprar el port 3022 i com a usuaris, posar "master1", "master2" (o el número que t'hagin indicat com a alumne d'un curs), i la contrasenya que t'hagin dit.



Connecta't com a usuari registrat d'aquesta web per veure més informació aquí sota.

Noms alias d'aquesta pàgina

TUEB | Formació UEB | Pràctiques UEB | TUEB | FormacioUEB | PractiquesUEB | UEBtraining | Training